Vanja Drkušić est né le 30 octobre 1999 à Novo mesto, en Slovénie. Ce footballeur international slovène évolue au poste de défenseur central. Issu des rangs jeunes du NK Krka et du NK Krško, Drkušić poursuit sa formation au SC Heerenveen aux Pays-Bas. Malgré des débuts prometteurs, il ne parvient pas à s'imposer en équipe première, ce qui l'amène à une brève période au Rende Calcio 1968 en Italie, suivie d'un retour en Slovénie avec le NK Bravo, où il marque son premier but professionnel.
Sa carrière prend un tournant lorsqu'il rejoint le FK Sotchi en Russie en 2022, avant de signer avec le Zénith Saint-Pétersbourg en 2024, d'où il est prêté à l'Étoile rouge de Belgrade. Sa stature de 1,86 m et sa préférence pour le pied droit le caractérisent sur le terrain.
En sélection nationale, Drkušić représente la Slovénie dès les catégories de jeunes, avant de faire ses débuts en équipe senior en 2023, participant activement aux éliminatoires de l'Euro 2024.