Il débute sa carrière professionnelle au Stade français Paris en 2011, où il devient rapidement un joueur clé. Avec le club parisien, il remporte le Championnat de France en 2015 et le Challenge européen en 2017. Pendant cette période, Danty se fait également remarquer en équipe de France, où il est sélectionné pour la première fois en 2016.

En 2021, après plus de dix ans au Stade français, il rejoint le Stade rochelais. Il y trouve rapidement sa place et contribue aux succès du club, notamment en remportant deux fois la Coupe d'Europe, en 2022 et 2023. Avec les Bleus, Danty est titulaire lors du Grand Chelem réalisé par l’équipe de France lors du Tournoi des Six Nations 2022, marquant ainsi un des moments forts de sa carrière internationale.

D'origine guadeloupéenne, Jonathan Danty a grandi dans le 18e arrondissement de Paris. Il a découvert le rugby à Pantin, avant de rejoindre l'ASPTT Paris, puis le Paris UC, où il commence à se forger comme joueur. Il intègre ensuite le centre de formation du Stade français à l'âge de 16 ans, où il perfectionne son jeu pour devenir l'un des meilleurs centres de sa génération.

Au fil de sa carrière, il est devenu un joueur reconnu pour sa puissance et ses qualités de perce-muraille, tout en développant un jeu plus complet, adapté aux exigences du rugby moderne.